José Miguel Vílchez González pertenece al Departamento de Didáctica de las Ciencias Experimentales de la Universidad de Granada y al Grupo de Investigación HUM 613, Didáctica de las Ciencias Experimentales y de la Transversalidad , cuyas líneas principales de investigación son la enseñanza-aprendizaje de contenidos científicos, la evaluación y diseño de recursos educativos, el tratamiento de materias transversales y la formación del profesorado de Educación Primaria y Educación Secundaria.